在完成注册后，用户就会在所填写的电子信箱中收到一封激活邮件，旅客点击“激活注册用户”的链接后可完成注册。注册成功后，可通过“我的12306”修改、变更注册信息。一张有效身份证件只能注册一个用户。购票时，凭用户自行设定的用户名和密码登录。
在购票时，一张有效身份证件只能购买同一乘车日期同一车次的一张车票(儿童票除外)，但注册用户可通过添加“常用联系人”的方式，在一个订单中至多购买5张车票，这就能大大减少“黄牛”刷票的可能。同时，在网站上还可以购买到除全价票外的儿童票、学生票和伤残军人（警察）优待票。
银联卡就能支付
注册完成后，就可以开始车次选择。在网站页面中输入始发站、终到站、发车日期之后，页面上就会显示出符合条件的各个车次，和不同车次目前的余票信息。点击“预定”进入订票系统，系统会要求再次输入姓名、证件号、电话号码等信息，并提示确认订单。如果您对系统自动派发的席位不满意，可取消重新选择，但如果同一天同一车次取消多次，当天将不能继续购票。
在订单确认后，需要在15分钟内进行网上支付，否则将视为自动放弃。支持网上购票支付的包括中国工商银行、中国农业银行、中国银行等在内的多家银行，也就是说，凡是带有银联标志的银行卡，只要开通网上银行功能就可以直接在网上支付票款。同一订单只能使用一张银行卡一次性支付。开始网上支付后、未完成支付前，不能再次购买车票。
电子票可网上退
在支付完成后，剩下的就是换取纸质车票。目前除京津城际和京沪、沪宁、沪杭高铁本线车站可以像刷交通卡一样，直接刷二代居民身份证通过检票闸机之外，其他各线车票都必须提前换票。换票可以凭身份证件原件在火车站的自动售票机完成，也可以在火车站售票窗口或者铁路客票代售点完成，如果购买的是优惠车票如学生票，则必须携带相关证件原件到火车站相应窗口换票。同时在铁路客票代售点换票时，旅客按照相关规定需缴纳每张5元的客票销售服务费，如果旅客在票面发站以外的车站人工窗口换票（比如提前换取返程车票）时，也要缴纳每张5元的异地票销售服务费。
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